Le origini sono incerte anche se il territorio fu abitato fin da tempi remoti. Le prime prove certe di stabili insediamenti risalgono all'eta' sannitica; in località Zappini sono state infatti ritrovati i resti di un santuario preromano. 

Il borgo con molte probabilita' e' sorto sulle rovine della Villa Aebutiana, villa che poi diventò castello durante la dominazione normanna, assegnato alla baronia di Prata. A questo periodo risalgono le prime notizie di un castello fortificato denominato Aylanum.

Dal 718 il territorio fu del Convento di San Giovanni e successivamente del Monastero di Santa Maria in Cingla, quindi possedimento dell'Abbazia di Monte Cassino.Appartenne poi a Guimondo Rosso e ai d'Aquino.

Nel 1230 Federico II, ritornato da Gerusalemme, riuscì a liberare Ailano che era diventata possedimento del Pontefice. Numerosi furono i feudatari tra cui i Capuano e i Sanframondo. e i Pescarini ai quali rimase fino al  anno dell'eversione della feudalità (1806).

Anche Ailano fu fervido centro di moti Carbonari, il castello ospitò alcuni patrioti che si stavano organizzando per liberare dai Borbone la Terra di Lavoro. Durante la II Guerra Mondiale, oppressa dai Tedeschi, la popolazione fu costretta ad abbandonare il paese. 

A valle dell'abitato di Ailano, in località Acqua Solfurea, c'è una sorgente di acqua minerale sfruttata in passato per bagni termali. Oggi è meta di visitatori per il caratteristico gusto dell'acqua e per i suoi benefici dermatologici.